当然、マニュアルは、http://www.windowsazure.com/en-us/manage/windows/common-tasks/upload-a-vhd/ しっかし、こちらに間違いあり。
まずは、connection Stringの部分。
csupload Set-Connection "SubscriptionID=<<サブスクリプションID>>;CertificateThumbprint=<<サムプリント>>;ServiceManagementEndpoint=https://management.core.windows.net"
のServiceManagementEndpointがベータサイトのママになっているので、これを修正。